El sistema creado por Namikoshi recibió la aprobación oficial del Ministerio de Salud del Japón, y él mismo creó en su país un instituto para la enseñanza del Shiatsu.
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Entre esas irregularidades funcionales están, por ejemplo, los desórdenes digestivos. Muchas personas tienen problemas con su digestión sin que el médico pueda diagnosticar una patología concreta. Yendo a la causa profunda de la disfunción, que puede ser el estrés, Shiatsu logra restablecer la funcionalidad. Otra aplicación muy provechosa es aquella que busca recomponer problemas óseos, como las desviaciones en la columna.